・ミステリーが凡庸

ストーリーの骨格はテレビで放映した「笹の葉ラプソディ」の連作な感じなので
すでに一度やったトリックの再利用が多く目新しさがない。

・バトルがない

最初から最後までミステリー解きに走り回っていてストーリーが平坦。
せっかくの劇場版なんだからTV版の朝倉vs長門バトルみたいな目を楽しませるエンターテイメント性を入れて欲しかった。
劇中に2、3回ぐらい見せ場を。

・丈が足りない。

テレビで言えば前（謎かけ）・中（謎解き）・後（解決）の3回、
60分で済むストーリーだったんじゃないでしょうか。
むしろ60分が本来の適切な長さと思えるような。
160分引きとどめるにはボリューム不足。

・冗長気味

具体的には

キョンが変わってしまった世界に驚愕！
→クラスメートに聞く→知らない
→みくるに聞く→知らない
→長門に聞く→知らない
→三味線（ネコ）に聞く→知らない

のような。
クラスメート、みくる、長門に3人に聞いて否定されれば視聴者にはもう十分な説明になってます。
その上で猫にまで聞くシーンは冗長になるだけでまるで意味ないじゃん、みたいな。
小説から映画に変換する際にスピード感を出す為のはしゅるべき部分をはしょってない感じがしました。
他には自問自答シーンや病院で目が覚めた後のシーンなどに特に冗長すぎるだろって感じました。